Software de facturación Verifactu para fisioterapeutas y sanitarios autónomos
Una sesión de rehabilitación va exenta de IVA; un masaje deportivo de mantenimiento, al 21%; y a fin de mes le pasas a la mutua 40 sesiones desglosadas por paciente, póliza y código. Convives con dos tipos de factura y dos canales de cobro a la vez, y eso ya lo dominas. Lo que cambia —y por eso estás aquí— es que en 2027 todo eso tiene que salir de un sistema conforme con Verifactu. Y ojo: la factura exenta también entra en Verifactu; que no lleve IVA no la deja fuera del registro.
Tu fecha: 1 de julio de 2027
Como autónomo, antes del 1 de julio de 2027 tienes que facturar con un sistema conforme con Verifactu (plazo aplazado por el RD-ley 15/2025). Cada factura —exenta o no— debe generar su registro íntegro e inalterable, con su huella y su código QR, ya sea enviándola a la AEAT al emitir o conservándola firmada.
Tener o usar un sistema no conforme se sanciona con hasta 50.000 € por ejercicio (artículo 201 bis LGT). No es por facturar mal; es por el sistema. Y la factura electrónica B2B de la Ley Crea y Crece (RD 238/2026) está en camino: si facturas a clínicas o mutuas, elegir ahora un programa que lo cubra todo te evita migrar dos veces.
Lo que Verifactu cambia en tu forma de facturar
Exento y 21% en la misma herramienta
Ya sabes dónde está la raya: la exención del artículo 20.Uno.3 de la Ley del IVA cubre lo que tiene finalidad terapéutica con tu titulación y colegiación (rehabilitación, lesiones diagnosticadas, neurológica, respiratoria, embarazo con seguimiento). Lo que es mantenimiento o bienestar sin lesión activa —masaje deportivo, relajación, postural preventivo, informes periciales— va al 21%. Lo que necesitas del software es poder emitir facturas exentas y con IVA desde la misma cuenta, sin que el tipo se aplique en bloque. Aplicar la exención por defecto a todo, como se ve tanto, es lo que acaba en regularización. (Es contexto fiscal general; tu caso concreto, con tu asesor.)
Mutuas: facturar a un tercero pagador
Con Adeslas, Sanitas, ASISA, DKV o MUFACE no cobras al paciente, sino a la aseguradora, con una factura mensual que desglosa cada sesión (paciente, póliza, código, fecha) y que tarda 30-90 días en cobrarse. Un fallo en un número de póliza retrasa el pago otro mes. Te viene bien un programa que facilite la facturación a terceros pagadores con esos campos y la conciliación de cobros diferidos; y si además gestiona bonos de sesiones prepagados para tus pacientes particulares, te cubre los dos canales.
Retención según quién paga
Al paciente particular no le retienes. A una clínica, mutua o empresa, sí: 15% (7% tus tres primeros años). Dos tipos de factura en paralelo; que el programa aplique la retención sola según el destinatario te ahorra repasar sesión a sesión.
Qué pesa (y qué no) al elegir
- Conformidad con Verifactu — Innegociable, también para las facturas exentas.
- Exento y 21% por factura, no en bloque — Alto. Es lo que evita la regularización.
- Facturación a mutuas y cobros diferidos — Alto si trabajas con aseguradoras.
- Precio — Con muchas facturas pequeñas y tarifas de mutua ajustadas, paga más de 15 €/mes solo si lo justifica una función real.
- Móvil — Útil si haces domicilios; la mayoría factura desde la consulta.
- Intracomunitario y módulos — Irrelevantes. Clientela local y estimación directa (epígrafe 761).
Tres del catálogo, y para qué encaja cada una
Quipu (~14 €/mes, plan Starter)
Te deja líneas de concepto libres para separar lo exento del 21% en el mismo periodo, gestiona el IRPF solo según el destinatario (particular vs mutua/empresa) e importa tu base de pacientes. Su app cubre los domicilios. Cumple Verifactu por declaración responsable del fabricante. Ver el análisis de Quipu · Probar Quipu
Billin (~6,60 €/mes, plan Básico)
La vía más barata: emite facturas exentas y con IVA, importa datos y tiene app. Lo que conviene probar antes de migrar toda tu actividad es cómo gestiona la facturación a mutuas con el detalle que necesitas. No hace intracomunitario, y a ti te da igual. Cumple Verifactu por declaración responsable (TeamSystem, conectado a la AEAT). Ver el análisis de Billin · Probar Billin
Contasimple (Gratis + ~10,95 €/mes, plan Profesional)
Tiene plan gratuito para empezar sin coste y escalar, con app móvil y precio de entrada bajo. No hace intracomunitario ni importa datos (migrarías pacientes a mano), pero centraliza facturación, impuestos y contabilidad. Cumple Verifactu por declaración responsable (versión Verifactu Ready de Cegid Contasimple). Ver el análisis de Contasimple
Preguntas frecuentes
¿Las facturas exentas de IVA también cumplen Verifactu?
Sí. El reglamento se aplica a todos los registros, esté la operación exenta, sujeta o no sujeta. Una sesión de rehabilitación exenta genera su registro con huella y código QR y cumple trazabilidad e inalterabilidad igual que una factura con IVA al 21%.
¿Cómo sé si una sesión va exenta o al 21%?
La pregunta es: ¿estás tratando una patología o lesión? Con finalidad terapéutica documentable, exenta. Mantenimiento deportivo sin lesión, relajación o bienestar preventivo, al 21%. En las zonas grises (lesión sin derivación médica), documenta el historial y consúltalo con tu asesor.
¿Cómo facturo a las mutuas?
Como tercero pagador: el destinatario es la aseguradora, no el paciente, con el desglose de sesiones (fecha, paciente, póliza, código) y periodicidad normalmente mensual. Lleva retención del 15% (o 7% los primeros años); el IVA será exento si todas las sesiones tienen finalidad terapéutica.
¿Me preocupo por Verifactu aunque facture poco?
Sí. No depende del volumen: eres autónomo con software de facturación y el plazo es el 1 de julio de 2027. Con la factura electrónica B2B también en el horizonte, migrar ahora evita hacerlo con prisas y dos normativas a la vez.
Haz el test de decisión
Cuéntanos tu situación real —tipo de pacientes, volumen, si trabajas con mutuas— y te decimos cuál del catálogo te encaja, con el porqué.
Esto es información general, no asesoramiento fiscal. Consulta con un asesor fiscal o con la Agencia Tributaria (AEAT) para cuestiones específicas. Referencias legales basadas en fuentes oficiales del BOE y la AEAT verificadas a fecha de actualización.